Данные доклада свидетельствуют о загрязнении воды в крупнейших реках страны — Волге, Обь, Енисей, Дон и Амур и их притоках.
Большинство из указанных рек сохраняют статус водных объектов с качеством воды загрязнённым и ухудшенным, как следует из проекта доклада о состоянии окружающей среды за 2025 год.
Основной источник загрязнения — бытовые и промышленные стоки. Во многих регионах очистные сооружения работают с перегрузкой или требуют глубокой модернизации.
Донные отложения в руслах рек и судоходных каналах служат источником вторичного загрязнения: за десятилетия интенсивной эксплуатации накапливаются тяжёлые металлы и стойкие органические вещества.
По поверхностным водам регистрируются превышения содержания железа, меди, трудноокисляемых органических веществ, нефтепродуктов и нитратов, особенно в районах с интенсивным сельским хозяйством.
Даже в Байкале качество воды в глубоководной части остаётся стабильным, однако мелководья страдают от локального антропогенного воздействия и разрастания водорослей.
В водохранилищах Волжско‑Камского каскада сохраняется проблема сезонного цветения воды, вызванного высоким содержанием биогенных элементов.
Высока доля потерь воды при её транспортировке потребителям: в среднем по стране — до 10–15% от объёма забора, а в отдельных регионах — выше из‑за устаревших коммунальных и мелиоративных сетей.
